Naast de capaciteitsproblemen op Schiphol kampt de luchthaven ook met forse vertragingen op het spoor. Nergens in Nederland vallen zo veel treinen uit als op de trajecten naar dit vliegveld.
Technishe problemen
De voornaamste oorzaak lijken technische van aard. De Intercity Direct-treinen, waarvan er relatief veel naar Schiphol worden ingezet, zouden vaker uitvallen dan de reguliere. Daardoor noteert het luchthavenstation meer vertragingen dan de andere stations.
Tunnel
Net als de luchthaven kampt het station van Schiphol met capaciteitsproblemen. Omdat het in een tunnel is aangelegd, is het echter erg lastig uit te breiden. De druk op het spoor zou over enkele jaren verlicht moeten worden door de Noord/Zuidlijn door te trekken van station Amsterdam Zuid naar Schiphol.
Trajecten
Over de afgelopen elf jaar presteerde het traject tussen Amsterdam Centraal en Schiphol het slechtste in Nederland. In totaal waren er 1887 verstoringen, wat betekent dat er gemiddeld om de dag een storing plaatsvond op het traject.